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计算生物学中心博士生发表高质量论文

发表时间:(2018-10-22)

  近日,国际生物生理研究主流期刊《Cellular Physiology and Biochemistry》(IF:5.500)发表了我校生物学院计算生物学中心博士生赵国淼题为“How long non-coding RNAs and microRNAs mediate the endogenous RNA network of head and neck squamous cell carcinoma: A comprehensive analysis”的论文。该论文从ceRNA调控网络的角度,挖掘了头颈部鳞细胞癌(HNSCC)的调控因子,为HNSCC的发生机理和预后研究提供了重要基础。

 

  HNSCC在全球恶性肿瘤中排在第六位,过去几十年的研究并没有显著提高该癌症的生存率,并且约半数的患者在确诊后5年内因该病去世,目前治疗该癌症的手段是手术切除。尽早发现,尽早采取措施是将肿瘤彻底切除的关键,所以挖掘该肿瘤的标志性分子标记对于保证患者的健康有重要意义。

 

  近期的表明基因以多种模式参与转录调控,microRNA作为其中一种重要的调控因子,能够通过抑制目的基因的翻译或降解目的基因,反向调节目的基因的表达。而实际调控过程中不仅仅是简单的microRNA-mRNA的沉默机制,还有更为复杂的调控网络。lncRNA和circRNA会竞争结合miRNA一些非编码的RNA,在细胞中起到miRNA海绵(miRNA sponge)的作用,进而解除miRNA对其靶基因的抑制作用,升高靶基因的表达水平。一般lncRNA和circRNA被称作competing endogenous RNA(竞争性内源RNA, ceRNA),ceRNA参与的整个调控网络cascade,即(ceRNAregulation networks,ceRNETs)对于癌症调控机制的解析,后期的疾病诊治和药物开发有重要的生物学意义。

 

  为此,计算生物学团队通过对TCGA网站上500多份HNSCC癌症样本和44份正常样本的miRNA和RNA表达数据研究,筛选出差异表达的调控因子,并进行miRNA-target(miRNA-mRNA和miRNA-lncRNA)调控关系预测,然后经过重重筛选计算构建ceRNETs,最终筛选出HCG22, LINC00460和STC2三个调控因子,这三个调控因子不仅在肿瘤样本中表达异常,而且对HNSCC5年生存率有具有显著影响。

 

  参与这项工作的还有博士生符亚茹和硕士生苏志方。

 

  论文链接:https://www.karger.com/Article/FullText/494009(allx)

  

  

 

来源:计算生物学与生物信息学          作者:梁丹          浏览次数: